Основні завдання гідробіології як науки:
І – вивчення екологічних процесів в гідросфері з метою її освоєння і винахід таких форм ставлення людей до водних екосистем, при яких користь від екосистем була б найбільшою, а шкода – найменшою;
2 – збільшення біологічної продуктивності водойм, отримання з них найбільшої кількості біологічної сировини;
3 – розробка біологічних основ забезпечення людей чистою водою, оскільки потреба в ній з ростом цивілізації постійно збільшується;
4 – експертна оцінка екологічних наслідків перерозподілу і перекидання стоку річок, антропогенної зміни гідрологічного режиму водойм;
5 – гідробіологічна експертиза впливу існуючих і новостворюваних промислових, сільськогосподарських і інших підприємств на водні екосистеми з метою їх охорони.