У водоймах він утворюється виключно біогенно, тобто за рахунок діяльності різних бактерій. Для багатьох гідробіонтів він смертельний навіть в невеликих концентраціях, а в великих кількостях викликає заморні явища. Чорне море вміщує дуже багато Н2S. Тільки поверхневий шар у 150-250 м вільний від нього, вся ж товща води вміщує цей газ і тому майже позбавлена життя.