Крім НАН в Україні функціонують державні галузеві академії – Українська академія аграрних наук; Українська академія медичних наук, Українська академія будівництва і архітектури. У складі галузевих академій є НДІ різного профілю відповідно до галузі науки. В Україні функціонують недержавні спеціалізовані академії, які об’єднують учених на громадських засадах за профілем їх наукової діяльності (УЕАН, МАНЕБ, Академія інженерних наук, Українська технологічна академія). Окремі з цих академій мають статус міжнародних.
В Україні діє значна кількість галузевих НДІ, підпорядкованих міністерствам і відомствам (НДІ агрохімії і ґрунтознавства ім. О.Н.Соколовського підпорядкований Міністерству аграрної політики). Такі НДІ проводять НД переважно прикладного характеру, в яких має потребу галузь, до якої вони входять. Відповідно до напряму НДІ визначається його структура: створюються відділи, лабораторії, сектори, які здебільшого очолюють провідні вчені у цій галузі знань.
